Kennsla Menntaskólans í Kópavogi við Krýsuvíkurskóla hófst haustið 1995. Kennsla í Krýsuvíkurskóla er að ýmsu leyti frábrugðin hefðbundinni kennslu. Hún er samofin meðferðinni og er eitt lykilatriði þess að auka sjálfsstyrk skjólstæðinga. Með aukinni menntun víkka skjólstæðingar okkar sjóndeildarhringinn og bæta félagslega hæfni, því menntun er oft besta leiðin til nýs lífs.
Þegar kennsla í Krýsuvík fór af stað var námsefni, kennsluaðferðir og prófþættir með nokkuð hefðbundnu sniði. En fljótlega kom í ljós að það skipulag var óhentugt, bæði vegna öðruvísi umhverfis, fárra kennslustunda, sérþarfa margra nemanda, misjafnrar námsgetu innan hópa og mismunandi þjóðernis. Auk þess mætti nefna atriði eins og til dæmis prófkvíða, misjafna reynsla af skólakerfinu og mislanga skólagöngu. Vistmenn eru þar að auki staddir á ýmsum stigum meðferðar og geta verið að koma og fara óháð starfstíma skólans. Auðséð var að laga þyrfti kennsluna að áðurnefndum aðstæðum ef árangur ætti að nást.
Þegar námið hófst í Krýsuvík var gerð sérstök námsáætlun, sem er ein sinnar tegundar. Námið miðast fyrst og fremst við sveigjanleika. Námið er brotið upp í smærri einingar, sem hver varir í fjórar vikur. Lögð er áhersla á hagnýtt nám sem hæfir þörfum nemanda, í þægilegu, afslöppuðu og óformlegu umhverfi. Námsmat er lagað að sérhverjum nemanda, með styrk og veikleika þeirra í huga. Markmiðið er ekki endilega að ljúka önn með prófi, heldur að nemendur séu virkir þátttakendur. Þeim er umbunað fyrir mætingu, samviskusemi og virkni með viðurkenningarskjali og fá nemendur einingar, metnar á framhaldsskólastigi, hafi þeir unnið til þess.